根据上述主要职责，市商务局设13个职能科、室（加挂二个科室）及贸促会、外商投资企业协会：
（一）行政办公室
拟订局工作制度，负责文电运转、会议组织、新闻发布、政务信息、督查督办等日常政务；负责各种文件打印、公文管理、收文印信、提（议）案办理及安全保卫，档案和保密工作；负责局机关人事、劳动工资管理和公务接待、车辆管理工作；接待群众来信来访。
（二）外商投资管理科
负责向国家和省申请各种专项贷款的规模；拟定外商投资的管理规章；分析、研究全市外商投资情况，定期向市委、市政府报送全市利用外资有关动态情况；按国家发布的《外商投资产业指导目录》，核准国家规定的限额以下，不需要综合平衡的外商投资企业的设立及有关项目合同、章程的审批和变更；监督检查外商投资企业执行有关法律、法规和合同、章程情况；负责外商投资企业统计和管理的情况综合；负责全市对外反倾销、反补贴以及保障措施中的有关事务，负责外商投资企业投诉；审核、呈报产品出口和先进技术企业；审批外商投资企业在国内外设置的分支机构；负责外商投资企业的解散、终止和清算工作。
（三）国际合作科
编制全市补偿贸易、加工装配、境外企业、劳务输出、对外工程承包、国际租赁等项目的中、长期规划和年度计划。负责全市境外投资项目的审查、上报及管理工作；负责国外对我市援助项目的管理工作。负责全市技术引进项目审查及进出口机电设备的审查、招标工作；负责全市对外劳务合作、工程承包、设计咨询及涉外劳务中介组织的审批管理工作；负责全市加贸易和补偿贸易项目的审核、审批工作；负责管理国际工程承包及限下所需建筑材料的进出口工作。
（四）对外贸易科（加挂“世贸组织与公平贸易科”）
研究拟定全市外贸发展中长期和年度规划并组织实施，组织企业参与各类商品出口招标工作；负责全市外贸进出口配额管理计划的编制；根据国家制定的各类企业外贸经营权资格标准，为具备条件的各类企业申办进出口经营权；组织各类进出口企业及其它经济组织参加国内外各种交易会、展览会、展销会、经贸洽谈会；负责进出口商品配额及许可证管理，负责各类企业对外经营资格和国际货运代理资格的审定和年检。负责分析机电进出口情况，编制有关资料，外经贸企业资格证书年审等；负责编制全市外贸企业出口运输计划（陆、海、空）；负责组织、协调全市民营企业、私营企业及各类经济组织的产品出口工作，帮助民营、私营企业参与国际市场竞争；组织、完善进出口贸易代理制度；负责初审中小企业国际市场开拓基金的计划编制，外贸出口补贴的初审和上报。
负责入世后全市商务系统的应对工作，组织世贸组织规则及相关知识的宣传和培训；负责全市有关贸易和投资等方面的法规、政策的对外通报、咨询；负责世贸组织中涉及我市相关事务的研究、指导和服务工作；对我市涉及世贸的重大问题组织调研，提出意见和建议；指导、协调国外对我市反倾销、反补贴、保障措施的应诉及相关工作；承担相应案件的产业损害调查；建立全市产业损害预警机制和贸易磨擦监控体系；指导并协调市内有关部门和相关中介组织产业安全方面的工作。
（五）边境贸易科
研究制定全市边境贸易中、长期和年度规划、进出口年度计划；负责全市边境贸易、民间贸易、互市贸易的统计工作，边贸出国团组的审批和上报；负责边境贸易各类许可证商品的申报、执行；边贸企业的行业管理；帮助边贸企业理顺、协调口岸各部门关系；参与制定我市有关边贸法规、政策；负责申报边境小额贸易经营权；负责组织协调、服务全市民营企业、私营企业、个体等经济组织参与边贸进出口业务；负责对全市贸易区管理、临时过货口岸的初审及上报工作。
（六）市场科
指导城市商业体系建设，推进农村市场体系建设；指导大宗产品批发市场规划工作；组织拟订市场体系标准，推进商品流通市场的标准化建设；按有关规定对拍卖、典当、租赁、旧货流通活动进行监督管理，分析全市市场运行和商品供求状况，负责市场预测、预警和信息发布，研究提出进出口调控建议；负责重要消费品市场调控，协同有关部门组织实施“菜篮子”商品流通规划；指导报废汽车管理和再生资源回收工作；负责酒类专卖和定点屠宰和调味品市场管理的相关工作；承担市整顿和规范市场经济秩序领导小组办公室的日常工作。
（七）流通体系调控科
拟订全市现代商业企业的发展战略、行业规划和有关政策并组织实施；贯彻国家、省关于优化流通产业结构、深化流通体制改革的方针政策，拟订连锁经营、物流配送等现代流通方式的发展规划并组织实施；组织开拓城乡市场；指导流通企业改革；按有关规定对成品油流通进行监督管理。
